[Delirium]

А зачем скрипты в автозагрузке на клиенте если есть домен? не проще нужные задачи прописать в доменных скриптах и раздать их запуск пользователям соответственно их правам?

Если все таки необходимо, то предлагаю след вариант:
1. Убрать скрипт из автозагрузки на машине.
2. Положить скрипт куда угодно, например на C:\temp\script.bat
3. В доменном скрипте,например, logon.bat прописать: if exist C:\temp\script.bat start C:\temp\script.bat
4. Воткнуть скрипт logon.bat в профиль нужного пользователя в AD.

В таком случае у тех у кого нет в профиле logon.bat - скрипт на клиенте не выполнится, у кого есть - пройдет.