За сохранение этих папок отвечает SFC, если ее отключить nLite-ом, то помоему (точно не помню, но как раз вернулся к этому вопросу и хочу все-таки подробнее выяснить) их можно будет удалить и они не восстановятся. Если SFC отключать полностью не хочется, то можно попробовать использовать
патч
Добавлено:
Проверил, так и есть. Нужно вывести эти папки из списка защиты sfcfiles.dll с помощью SfcFiles patch v3.1 (ссылка выше).
П.С. уже аддон для интеграции сделал и проверил - работает, еще чуть потестирую и выложу.
Добавлено:
папки FrontPage и Xerox не появились после установки ОС с использованием аддона
П.С.: я не упоминал папки MSN Explorer, NetMeeting поскольку при использовании отдельных аддонов для их удаления, пустых папок не остается и они потом не появляются. Насчет MovieMaker не скажу (я его не удаляю), но работать должно точно также с соответствующим аддоном.