http://posix.ru/system/grub/
http://posix.ru/system/grub_faq/
Честно, познав GRUB, что не так сложно с этими мануалами, я больше вообще не хочу заморачиваться с другими загрузчиками.
А, да, по сути вопроса: ваш второй винчестер сместил последовательность винчестеров для Груба, вот он и ругается. Элементарно отредактируйте /boot/grub/menu.lst чтобы загрузка стояла с (hd0,0), или как он там ваш основной загрузочный диск определяет (смотреть в консоли Груба командой
root hd<TAB>, прочие превосходные качества читайте по ссылкам).
