[SergOst]

Во-первых у глупого админа все равно просматривается нарушение лицензирования, поскольку надо покупать лицензии на терминальный доступ по числу юзеров, которые кстати продаются и привязываются к юрлицам и к купленной лицензии на сервер.

Во-вторых под пропадающими "базами 1С" видимо имеются в виду записи путей к базам в окне запуска 1С. Они содержатся в ветке реестра HKU\...\Software\1C\1Cv7\7.7 , если 7 версия 1С.
Где ... - профиль юзера.
Имхо эту ветку(1С) можно попробовать перенести в Default профиль, от такой пробы хуже не станет.
Либо сделать автозапуск при заходе юзера reg-файла, восстанавливающего информацию в реестре.