Это тип аддонов, изменяющих дистрибутив в процессе интеграции обновлений и других аддонов (не всегда), т.е. не в процессе установки в отличие от других типов.
Относятся к категории т.н. служебных аддонов. Позволяет получить функциональность в процессе установки, которую невозможно получить другими способами. Описать типичную структуру такого аддона или привести общую инструкцию не возможно. Причины банальны: изменение ресурсов возможно несколькими способами, требует солидных знаний, долгого тестирования на стабильность.
Пример "мирного" применения аддона изменяющего системные ресурсы: аддон Vista Path изменяющий стандартные иконки на более красивые. Или аддон ZZ_multiboot, не изменяет дистрибутивную папку (I386), но создает структуру папок и записывает необходимые файлы и модифицирует их для получения мульти загрузочного диска. Причем, можно создавать диски N-in-1 (например Windows Home и Proffesional версий + множество вариантов загрузки из стандартного аддона Z_DRV_INST).
Еще пример, аддон Z_DRV_INST не модифицирует файлы в дистрибутиве, но слегка изменяет и дополняет его новой функциональностью (Подменой Setup.exe во время установки и установкой драйверов).
При затрагивании важных системных файлов приходится иметь дело с Windows File Protection. Как ее обойти читайте
здесь .
Если по каким- либо причинам использовать патч sfcfiles.dll нельзя или невозможно, можно только посоветовать эту
статью раздел Modify PE, про изменение контрольной суммы файлов.