Delion Soulblade, можно так -
[решено] Службы - Запуск программы как службы (не очень хорошо, если запуск будет зависеть от службы "планировщик заданий" - её часто отключают)
Лучше, если после логина пользователя в трее будет появляться иконка, по которой доступен интерфейс программы.
Если интерфейс программы появляется при повторном запуске программы после выполнения логина, то можно в том же планировщике назначить задание запуска программы при входе в систему. Также можно попробовать прописать запуск (самой программы или программы для трея) через ключи реестра HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run, через Global Startup (C:\Documents and Settings\All Users\Start Menu\Programs\Startup) или групповой политикой - сценарии (запуск/завершение), ещё можно с помощью
nncron