Мне это кажется самоочевидным.
Но аргументирую: "Бережёного Бог бережёт" (с) народ русский
1. Исключаем и корпоративную среду. В остальных случаях бэкапы делаются редко либо вообще не делаются. Либо делаются, но на ещё один раздел (что по сути ничего не меняет). И ещё реже бэкапы "
полные"
2. Сдыхание диска исключаем -- в этом случае нам всё по барабану. Рассматриваем только логические дефекты либо дефекты "обкатки" диска (начальное "выпадание" слабых секторов).
В этих случаях может понадобится переустановка системы (да и просто это м.б. проще и быстрее). При этом может понадобиться форматирование системного раздела. Если данные лежат на другом разделе -- мы просто ставим систему, и ладушки. Если данные лежат вместе системой -- начинается геморрой -- подключить винт к другому компу (или подключить другой винт и загрузиться с ЕРД) и слить данные, а то и вдобавок сначала восстановливать их из повреждённой ФС.
В случае падения всей МБР в большинстве случаев структура разделов восстанавливается, причём довольно просто, так что он практ. сводится к "падению раздела". А вероятность "падения"
одного из N разделов = 1/N.
Кроме того, пользовательские данные по определению изменяются чаще, чем системные файлы, поэтому разнос их по разным разделам уменьшает скорость фрагментирования.