musician, навскидку два варианта (с которыми сталкивался):
- нестандартный размер кластера (не 4 КБ) на активном разделе;
- одна старая материнка не воспринимала HDD как загрузочный до тех пор, пока джампер на Master не выставил (даже на Cable Select не хотела).
Жесткий диск проверяли? Дистрибутив меняли?
