[sonhi]

Сначала по вопросу.. не работает DNS - что конкретно не работает,
1) Не разрешаются внешние имена с сервера
2) Не разрешаются внутренние имена с сервера
3) Не разрешаются внешние имена с клиента
4) Не разрешаются внутренние имена с клиента

Какие пункты не катят отметь.

В довесок: зону "." создают когда не хотят чтобы сервер разрешал имена внешних хостов, в связи с этим если ты её удалил, то проверь в свойствах сервера вкладку "Корневые ссылки" есть ли там что нибуть..
Если там всё ок, то там должны быть записи типа "k.root-servers.net."

Далее проверь в настройках сервера вкладку "Пересылки". Там указываются DNS сервера которым твой сервер пересылает запросы. Настройки отпиши.