[ruslandh]

Всё дело в том, что Винда и Линукс считают разделы каждый самостоятельно.
1 Как я понимаю Win "хочет" грузиться с 3-его (или -же с активного раздела). (по-моему там что-то связано с boot.ini)
2 В Linux Установи соответствие между /etc/fstab и /lilo/conf. и дай команду lilo.
3 В любой момент какая-нибудь Win прога из тех, что поумней, может переименовать разделы в линуксе на (hda1, hda2, hda5,hda6)