[Anakin]

Похоже на то, что пачтенье прошло "наполовину" - список защищаемых файлов в sfcfiles.dll очистился, а сам движок - sfc_os.dll - по-прежнему работает. Попробуйте заново пересобрать дистриубтив - примените ваш конфиг nLite на чистом оригинальном майкрософтовском дистрибуте (для чистоты эксперимента - без последующего включения RunOnceEx).