akrav,
С батниками давно дело не имел, но помню что для отмены спец. символов, нужно подставлять символ
^.
Код:

for /f "tokens=1,2,3 delims=^""
хотя сомневаюсь что сработает

...
Можно в принципе заменить кавычку другим символом, и потом обработать циклом через этот символ...
Код:

For /F "tokens=1,2,3 delims=" %%i In (MyFile.txt) Do Set Var=%%i
Set Var=%Var:"=¶%
For /F "delims=¶" %%j In ("%Var%") Do Echo %%j