WSUS 3.0 можно управлять через mmc Он создает оснастку в папке администрирование. Оттуда все рулится.
Штобы настроить управленеи машинами, которые не в домене, необходимо создать reg-файл в котором прописать все основные настройки(имя сервера, группу, время обновления и т.д.) Затем его импортировать в реестр. (Хотя наверно можно как-то попроще....)
почитать можно
здесь и
здесь например.
