[DJ Mogarych]

Кажется, проблема в том, что файл разбивается на части. Попробуйте в mkvmerge сделать цельный файл. Наверняка будет всё в порядке.
Это может быть связано с тем, что и видео, и звук сжатые, и если место разреза не попало на ключевой кадр, будет рассинхронизация.