тут опять же непонятно как отключала эта ваша программа, отключала она или
удаляла записи - принципиально важно
попробовать впрочем можете, скачайте какой-то
LiveCD, на котором есть редактор реестра, а там загрузите уже куст с умершей системы и посмотрите есть ли какие-то подразделы в разделе HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Shared Tools\MSConfig\startupreg - это если вы через msconfig отключали что-то, если же нет, то хз куда оно попало...
[решено] Как добавить ключ реестра, при условии что винда не загружается?