[DJ Mogarych]

В K-lite codec pack входит программка, называется GSpot. Откройте ей проблемный файл, сделайте снимок экрана (Alt+PrintScreen), и выложите сюда. Если есть какие-то видеофайлы, которые вы закодировали подобным образом, но с ними всё нормально, тогда вы можете сравнить показания GSpot-a для двух файлов. Может быть, это поможет понять, в чём дело (и выложите тогда оба скриншота).