[gf100]

Если был установлен рейд-массив,

- система сильно "тормозит" ... - на винчестере, где установлена ОС, постоянно горит индикатор

Скорее всего, он рассогласовался при жесткой перезагрузке. Синхронизация занимает тучу времени и достаточно сильно нагружает систему.