Process Monitor - в реальном времени.
RegWorks - монитор и сравнение снимков.
RegKey LastWriteTime Scaner -
находит в системном реестре ключи, созданные или изменённые в заданном интервале времени. Ещё есть, но эти бесплатные.
А только снимки и их сравнение делает куча программ. Например:
RegChange,
RegShot. Много!..