[kim-aa]

- Универсальных файловых систем не существует, некоторые лучше пишут, некоторые читают. Одни лучше работают с мелкими объектами, другие, наоборот, с крупными. Это потверждает то, что высоконагруженные базы данных хранят свои данные в "сырых", низкоуровневых разделах, т.е. считается что файловая система общего назначения оптимизирована не полностью.

- NTFS как любая файловая система любит упорядоченность данных, что в первую очередь связанно с тем что скорость доступа жесткого диска, к последовательным данным, на порядок выше чем к random ( распределенным по диску по какому либо закону). Опять же при последовательном чтении нужно осуществлять меньше операций I/O.

- NTFS более сложная файловая система чем FAT, что несет как плюсы так и минусы. Не вдаваясь в подробности скажу что
если данные расположены не последовательно, преимущество в скорости поиска имеет NTFS.
При последовательном чтении преимущества в скорости имеет FAT32, т.к. она осуществляет меньше системных операций, в частности не проводит проверку на безопасность.
FAT32 пишет всегда быстрее, т.к. журналирование отсутствует как класс. Естественно расплатой за это является меньшая устойчивость. Так же размер максимального файла в FAT32 по нынешним меркам невелик, однако в высоконагруженных серверных системах архитектуры Win32, размер файлов данных проектируется в 2 ГБ, т.е. влияния теоретический максимум не оказывает.

-NTFS имееет преимущество в сильно фрагментированных условиях перед FAT32, т.е. скорость доступа падает не так катастрофически.

--------------------------------------------------------------------------------------------
Что из всего этого следует:
-- Поднять быстродействие можно если пожертвовать размерами. Т. е. т. к. в операционной системе разный тип, хранящихся на жестком диске, данных фрагментируется по разному, то желательно хранить его на разных разделах. У вас образуются потенциально не использованные хвосты, но фрагментированность скажем временных файлов, ни как не затронет системную область.
-- Системный раздел, где хранится реестр и прочие важные "радости", практически не фрагментируется, т. к. запись в него осуществляется только при инсталляциях и добавлениях устройств.
-- Опять же дефрагментация десяти разделов по гигабайту, на порядок быстрее чем дефрагментация одного раздела в 10 гигабайт.
-- Так же вы выигрываете в устойчивости системы в целом, т.е. даже если системный раздел уничтожен, скажем злым вирусом или кривыми руками, - данные остаются в целости. Или безбожно пухнущий TMP каталог, не вгонит систему в ступор.

Однако, как любое сложное осмысленное действие, разбиение жесткого диска на специализированные разделы, требует прикидочных расчетов. Правда в инструкциях по инсталляции либо серьезного ПО, либо Unix систем, все это есть.
Естественно взгромоздить все в один раздел гораздо проще для любого инсталлятора, т. к. потенциальные проблемы которые возникнут, скажем через полгода-год, его уже не касаются.
--------------------------------------------------------------------------------------------
В настоящий момент это может быть не актуально, однако лет так 5-7 назад, разделы выделяемые для TMP-файлов, и SWAP- рекомендовали размещать вообще на FAT16 разделах, вся файловая таблица коих со свистом влетает в кэш любого компьютера.
(Для справки - операционная ситема Sun Solaris, в быстродействии которой вроде бы сомневаться не приходиться, хранит TMP-данные в Swap-разделе.)