[Blast]

1 и 2 вцелом взаимосвязаны, некоторые службы стартуют в процессе загрузки ОС, некоторые позже, последовательность запуска служб, честно говоря, не знаю можно ли увидеть. Службы в общем случае не зависят от пользователя и могут загружаться до входа в систему, но их запуск будет продолжаться и после входа пользователя если какие-то службы не успели запуститься до логона.
Программы из автозагрузки как и логон-скрипты запускаются после входа пользователя.

Вообщем наверное будет лучше если вы расскажете зачем и что именно вам нужно, а исходя из этого будет проще подыскать правильное решение.