У меня так было при переходе с 2003 на 2003R2 х32
на втором диске (надеюсь у тебя лиценз?
) есть утилита
X:\CMPNENTS\R2\ADPREP\ADPREP.EXE
оттудава и запускай. Только для начала почитай про неё хелп - /?
Ну и на всякий случай перед экзекуцией запустить dcdiag + netdiag и убеждиться, что эти утилиты не выдают ошибок.
Я так 2 раза уже делал на 2 разных доменах, и даже мигрировал с 2003 на 2003R2 х32. В остальном совместимость насколько я знаю полная.