[bdancer]

Mr Dan
Под каждое ядро есть своя папка с модулями типа
/lib/modules/<kernel version>

Дык вот те нужно два модуля: один под дистрибутивное, второй под твое ядро.
Вот положи старый модуль в /lib/modules/<старое ядро>, а новый модуль в  /lib/modules/<новое ядро>, в каждом случае после загрузки под каждым ядром не забудь сделать "depmod -aAv". Должно работать.