[WildNP]

Так вроде ж он mpeg понимает? Или проблема в transport stream? »

Похоже, в самом контейнере. Не всякий сплиттер возьмёт. Видимо, встроенные средства в MKVToolnix данному виду "не обучены". Впрочем, можно и попробовать. Даже нужно. Интересно же, в чём дело.