сталкивался с тем, что w2k не запоминает пароль (по-моему там вообще этой галочки нет). Вместо net use использую скрипт на vbs:
Код:

Dim WshNetwork
Set WshNetwork = WScript.CreateObject("WScript.Network")
WshNetwork.MapNetworkDrive "R:", "\\server_name\share_name", , "username", "password"
server_name, share_name, username и password соответственно подставляйте свои. Если не хотите в явном виде пароль использовать - попробуйте либо exescript или бесплатную screnc