Тоже с такой проблемой столкнулся, придумал вот что:
1. Делаем самораспаковывающийся архив, который должен будет распаковать 1с и сделать запись в реестре
2. Запускаем его из сеанса удаленной командной строки (radmin-telnet) от имени нужного пользователя:
Код:
runas \user:<имя_пользователя> имя_архива.exe
Похоже на извращение, но должно работать
