[FAT_32]

1-лучше форматнуть в Ext3, постабильней будет. С помощью самбы все будет нормально доступно из виндов.
2-хуже не будет)) во всяком случае у меня окна с пингвином норм подружились.
3-NETBIOS-имя можно поменять в настройках самбы
4-VNC не безопасен, это да. если ктото знает софт для удаленного ГРАФИЧЕСКОГО администрирования пингвина по сети-буду рад узнать о нем) хотя и консоли хватает... (кста, есть вариант поднять VPN сервак на линухе и из нета коннектиться к VPN и уже через него коннектиться к VNC а фаером запретить доступ из нета к VNC а разрешить тока из VPN-сетки)