Вручную, или все же WSUS поделился?
Консоль про клиентов что пишет? Есть от них отчеты или нет?
Обновление серверов и клиентских машин настроено одной ГП или разными? Если разными, то мог ошибиться? Приверь результирующую политику для проблемных клиентов.
Клиент на команду wuauclt /detectnow как-нибудь реагирует или нет?
