Vito86, вообще-то это естественная ситуация: файлы загрузчика и Boot.ini на активном разделе, а система (одна или несколько) могут быть установлены на любых разделах.
Для общего развития можете почитать:
Редактирование файла Boot.ini в Windows XP
Параметры, используемые в файле Boot.ini в Windows XP и Windows Server 2003
Файл BOOT.INI и принятые имена ARC-путей, а также их использование
P. S. Только сами ничего в Boot.ini не изменяйте без крайней необходимости.
