fgx1988
Сначало надо научиться работать с mail-ом: начните например с
JavaMail API
Поучив это и разобравшись в том, за что отвечают основные функции, многие вопросы отпадут сами собой.
Само же приложение выглядит как обычное web-приложения: формы для ввода сообщений, кнопочки для роверки на наличин новых сообщений и тд.
Посмотрите
примеры подобных приложений. Установите у себя какой нибудь пример и поразбирайтесь в коде, как что сделано - я думаю там всё очень просто.
Ещё надо знать название и предназночение основных протокол для mail. Такие вещи как SMTP, POP3, IMAP - должны быть поняты
