Да, так и должно быть.
В операционных системах семейства Windows NT (NT 4, 2000, XP, Vista) файл AUTOEXEC.BAT не выполняется, вместо него при запуске DOS-приложений (в режиме эмуляции) используется файл autoexec.nt, расположенный в %systemroot%\System32, выполняющийся при запуске каждой DOS-сессии, имеющий похожий синтаксис, но исполняющийся без вывода сообщений о выполняемых программах и командах на консоль (взято
отсюда).
