Для начала запуская свой скрипт, который обновляет исходники.
Потом перехожу в каталог /usr/src/ и там команда make -j4 buildworld, а после ее успешного выполнения make kernel KERNCONF=MYKERNEL.
После успешной сборки и установки нового ядра перезагружаюсь в однопользовательский режим, монтирую остальные разделы mount -a -t ufs, снова перехожу в /usr/src/ и там даю команду mergemaster, затем make installworld. Потом снова перезагрузка во многопользовательский режим, перехожу в /usr/src/, даю команду make clean и вычищаю мусор из /usr/obj/usr/.
Сама процедура обновления подробно описана в
Руководстве пользователя.