DNK_Inc
Если сканер есть подключенный к машине, то вот статья:
При каждой загрузке компьютера запускается программа Chkdsk
Или в рестре, в ветке HKEY_LOCAL_MACHINE\System\CurrentControlSet\Control\Session Manager
значение параметра BootExecute установите как autocheck autochk *
А потом пройдитесь chkdsk /p /r
Помечается диск на проверку в реестре, все в той же ветке и в том же параметре, только прописывается там вместо * переменная /p \??\том:
Также не помешает заглянуть в boot.ini и показать нам что там с параметрами в строке запуска этой системы.