В 2-х словах:
На Win-сервере Вам нужно настроить DNS таким образом, чтобы он пересылал запросы которые не может обработать DNS-серверам провайдера (к сожалению сказать где именно это делается я немогу). После этого если на рабочих станциях в качестве DNS сервера будет указан данный сервер все должно работать, при условии что сам win-сервер сможет достучаться через FreeBSD-сервер к провайдерским DNS
Либо - поднять на FreeBSD named, ему указать в качестве forwarders DNS провайдера, и Win200 будет пересылать запросы уже ему.
Немного запутанно получилось, надеюсь Вы поймете.
