Установи программы-мониторы железа: память, проверь производительность файловой подсистемы, сетевое оборудование на "дропы"
Вот еще мысли: пусть поработают на базах дбф, мускуль запрети, посмотри, что будет. Возможно, надо поставить обновления на мускуль
Затем наоборот.
Также, если с железом все хОКЕЙ, надо обновить: винду, 1С, мускуль...
p.s. Ну просто 17юзверей в терминале и не работают...ну блин, нириально. Они без терминала могут нормально работать
