Попробуй нажать
здесь. Потом
здесь и скачай mkvtoolnix Unicode enabled (Windows NT, 2000, XP or newer), но для неё нужен .NET framework. Когда будет все это счастье, перетаскиваешь в mkvtoolnix субтры (естесвенно вместе с видео и звуком) подписываешь (если нужно) и Start muxing. Вообще с mkvtoolnix очень леко разобраться.