Creat0Rна то и вышло...

чтобы удалить блок нужно определить его конец и начало:
Код:

#include <File.au3>
#include <Array.au3>
$File = "c:\test.txt"
Dim $FileLines
_FileReadToArray ($file, $FileLines)
; Возвращаем массив из дублирующихся записей
$DupLines = _DupURLsInArray ($FileLines)
; Страховка от пустого массива если дублей нет
If $DupLines [0][0] >0 Then
For $i=$DupLines [0][0] To 1 Step -1
; ищем начало следующего блока
$iNext = _ArraySearch ($FileLines, "#URL", $DupLines [$i][0])
; если не нашли, то конец файла
If @Error=6 Then $iNext=_FileCountLines ($File) +1
Do
$iNext=$iNext-1
_FileWriteToLine ($File, $iNext, "", 1)
Until $FileLines [$iNext] = "#URL"
Next
EndIf
EDIT: исправил ошибку с уловием (выделено красным), спутал с функцией
_ArrayBinarySearch