[gults]

Когдато в WinNT4 я случайно получил последнюю ситуацию. Правда как оказалось рабочий стол был не зависший, а ОЧЕНЬ медленно отрабатывавший клики. Т.е. покликав по нему и оставив на пару минут находил клики отработанными. Может у тебя тоже так.
Тогда я это получил поставив запрет на запуск службы Remote Procedure Call (RPC), судя по всему винда просто постоянно пыталась ее запустить, или еще что. Посмоти в безопасном режиме журнал событий, какие ошибки там есть?