Catalyst: диск с: при установке Windows создавай как "Удалить_и_пересоздать_быстро_форматировать_в_NTFS"... тогда после перезагрузки проверит только D: и только единожды.
А проблема в том, что до проверки на системном разделе создается файл подкачки. И, по видимому, это обстоятельство сильно огорчает ОС, причиняет ей душевную травму и она не считает каждую из проверок доведенными до конца.
Если же пересоздавать раздел не хочется, а проблему решать как-то надо, то читай
здесь.
