Потому, что можно разрушить систему от простой орфографической ошибке в запускаемом вами скрипте. (как пример).
Для администрирования есть sudo - прописываете туда те команды, которые вам нужно выполнять под root, а дальше вас спасает "собственная лень" - прежде чем сделать что-то новое под root - вы автоматом думаете - а нельзя-ли без этого обойтись.
PS Это манера или стиль работы в Linux - если первым делом начал работать в root - это или "мигрант из Windows" или очень безалаберный человек
Работа под root - это дурная привычка, типа курения
- лишний риск сломать систему. Если вы спокойно можете её сломать, то вам кроме игрушечных систем доверять ничего стоящего не стоит
PPS Это не наезд на конкретные личности - это как-бы рассказ человека, который имеет в подчинении несколько молодых Сисадминов
