Ok, tnhx, возьмем на заметку, правда я за это время свой скрипт с гуем успел накалякать на AutoIt.

Суть такова, на стадии T12 запускаем скрипт, он с инишника считывает приложения и выводит массив чекбоксов.
Для отмеченных создаются ключи в RunOnceEx.
Для выбранного приложения можно запустить 2 дополнительных и импорт файла реестра.
Если есть интерес - могу выложить.