Я переношу систему очень просто:
1. Загружаюсь под каким-нибудь livecd
2. Разбиваю винчестер (новый)
3. Монтирую оба винта (один с системой)
4. Копирую все в нужные разделы
5. Правлю fstab и пересобираю lilo (предварительно сменив рут)
Enjoy, и никаких специальных прог.