[Megabizon]

проверьте зона _msdcs в основной зоне есть, прописаны там записи обоих контроллеров? Проверьте настройки TCP/IP, в 2000 рекомендуется, если я правильно помню, primary dns должен указывать на соседний DC, а вторичный на себя самого, если там не так, то попробуйте исправьте, а потом по очереди перезагрузите контроллеры.