desperate
Я уже как-то тут писал про дочерние процессы, полистайте назад, скорее всего это ваш случай.
Не видя install.bat, предположу, что из него добавляется какая-нибудь информация в реестр, а потом запускается какой-нибудь setup.exe
Чтобы дождаться выполнения этого setup.exe, попробуйте запустить его через start, т.е. в install.bat
Код:
start /WAIT setup.exe
