ну вопервых можно и без перекодирования обрезать но в MKV
http://www-user.tu-chemnitz.de/~noe/..._hf_resolution
а может проще масштабирование делать при просмотре в плеере, качество будет полюбому лучше чем после перекодирования.
и насчет резки в матрешке тоже всё просто, как mmg режет я незнаю но погрешность не больше метра всегда была.