[MCGenie]

Там можно изменить все, кроме того, какие именно папки нужно бэкапить, а именно это и надо сделать.
Сами папки упоминаются в файлах, хранящихся в Local Settings\Application Data\Microsoft\Windows NT\NTBackup\data\*.bks, но их формат мудрён...