[Envel]

Лучше книжку возьми почитай хоть самую плохую.
Больно уж много всего написал.
Чтобы поставить в другой каталог, можно использовать --prefix=каталог при сборке программы.
Тип файла в linux определяется не порасширению (которое по сути - липа), а по содержимому, хотя и "расширения" тоже учитываются.
В linux с самого создания все имена были длинные (файловая система ext2), атрибуты файла содержали достаточно информации о файле, в отличие от систем FAT/NTFS, в расширении не было необходимости. Тем более оно может просто запутать пользователя (можно вспомнить исполняемые вирусы с расширением jpg). Исполняемые файлы имеют атрибут "исполняемый", остальные выполнять нельзя обычным образом (если не установить этот атрибут выполнение такого файла запрещено).
В windows любая программа почти всегда несет с собой все используемые ею компоненты (ну, разве что, кроме стандартных частей ОС) - это идеология (отсюда дистрибутивы по 600 Мб). В *nix - все программы модульные, используют кучу разных компонентов, которые используют другие программы и т.д. Что сокращает общий объем файлов, но накладывает зависимости на приложения. Обычно используемые менеджеры пакетов для установки бинарных (уже скомпилированных) программ и библиотек отслеживают эти зависимости автоматически (rpm, deb и т.п.) и даже сами устанавливают автоматически недостающие пакеты (apt).
Запуск с компакт диска возможен, если он соответствующим образом смонтирован (без noexec).
Все файлы пользователя (кроме root) содержаться в его домашнем каталоге (/home/имя_пользователя), для root - в /root/.
Файловая система едина, не содержит деление на диски. Есть даже специальные файлы-устройства, вывод в которые приведет к выводу на устройства, например, /dev/hda - жесткий диск, /dev/rtc - real time clock, /dev/lp0 - принтер на LPT1 и т.п.

В отличие от Windows 9x, где NTFS еще не было и такого понятия как права доступа к файлу тоже не было, в linux такое с момента его появления (ибо он построен на базе unix). (Windows 9x - это вообще оболочка защищенного режима для DOS в прямом смысле).
Очень советую выбрать дистрибутив Ubuntu (установка его проста) для освоения linux (ибо ubuntu прост в настройке - все работает из коробки). И не стоит компилировать ядро! Статьи, что читаете - старье. Ибо ядро часто уже скомпилированно с заданным набором возможностей. Перекомпилировать стоит только в том случае, если производителем дистрибутива не добавлена в ядро какая-то очень нужная вам возможность (например, работа с новым оборудованием, экспериментальные драйвера и т.п.).
Заказать Ubuntu можно бесплатно на shipit.ubuntu.com
Я сам им пользуюсь (там к тому же очень удобный менеджер пакетов от debian - deb + apt).