Если нет желания особо замарачиваться, то можно попробовать
The RAD Video Tools.
Создаешь txt файл. Вводишь список всех mov, которые хочешь конвертить. Типа такого
C:\Sample.mov
C:\Sample2.mov
C:\Sample3.mov
Сохраняешь, изменяешь расширение файла на lst. Загружаешь его в RADTools. Там думаю уже легко разобраться.
