Акронис просто пишет непрерывный поток данных на винт, будто один большущий файл, поэтому так быстро получается.
А винда сначала один файлик запишет, потом другой, потом настроит что-нибудь, потом ещё файлики попишет, перезагрузится пару раз. Вот сорок минут и набегают
Компу вреда нет.