Можно почитать
FAQ по этой плате на сайте Гигабайта. Возможно некоторые моменты проясняться.
Итак, что мы видим? А то, что на мамке ДВА ИДЕ-контроллера. Один чипсетный, второй - реализованный на отдельной микросхеме. RAID-контроллер, AFAIK, работает ТОЛЬКО с HDD. С CD/DVD он работать не обязан, хотя иногда и может. Далее - для того, чтобы увидеть винчи на RAID-контроллере, надо включить БИОС последнего. Как - без понятия, т.к. энто сильно зависит от конкретной реализации в конкретной мат. плате.
Еще мысль - сажать мастер у-во надо на конец шлейфа, а слейв на середину, иначе возможны всяческие приколы из-за особенностей реализации стандарта ATA в разных у-вах.