Спасибо за ответ vadimiron (странно что тока один, наверное вопрос не актуален). ../../ в принципе работает, но нашел лучший способ, просто указать:
<!--#include virtual="/shapka.txt"-->
тогда куда не закинь файл в который инклудиш, сервер поймет что shapka.txt в корне (ну или если не в корне "/еще папка /shapka.txt").
Тему в принципе можно закрывать
